Растет на незадерненных галечниках, песчано-галечных береговых валах озера Байкал, в нарушенных степях. Вид гибридного происхождения, возникший от скрещивания фиалок Гмелина и рассеченной. Стабильно существует лишь среди родительских видов.
Фиалка надрезанная является эндемиком Прибайкалья. Уязвима вследствие гибридной природы вида и малочисленности мест обитания. Страдает от хозяйственной и рекреационной деятельности, выпаса скота.
Статус: включена в Красные книги Российской Федерации, Иркутской области и Республики Бурятия. Цветет в мае — июне. Плодоносит в июле — августе.